Textos de Machado de Assis ilustram as explicações deste post. Fonte da imagem: http://www.machadodeassis.ufsc.br

O autor de um texto acadêmico, para seguir as recomendações da ABNT (2002), ao fazer menção a uma citação, pode escolher o excerto a ser utilizado, desde que informe o leitor que está fazendo uma supressão de determinados trechos. Nesse caso, deve-se destacar a edição com o uso de colchetes acompanhados de três pontos: [...]. Como pode-se observar no exemplo a seguir, retirado da obra Memórias Póstumas de Brás Cubas:

Marcela amou-me durante quinze meses e onze contos de réis; nada menos. [...]  Ficando a sós, derramei todo o desespero de meu coração; disse-lhe que ela era um monstro, que jamais me tivera amor, que me deixara descer a tudo, sem ter ao menos a desculpa da sinceridade; chamei-lhe muitos nomes feios, fazendo muitos gestos descompostos. Marcela deixara-se estar sentada, a estalar as unhas nos dentes, fria como um pedaço de mármore. (ASSIS, 1880, informação eletrônica)

Caso o autor precise fazer interpolações (inserção de alguns elementos que não constam da 0bra original – Aurélio, 2005, informação eletrônica), acréscimos ou comentários, as indicações devem vir marcadas entre colchetes – [ ], a exemplo do trecho abaixo, de Dom Casmurro:

Retórica dos namorados, dá-me uma comparação exata e poética para dizer o que foram aqueles olhos de Capitu [explica Bentinho, após destacar como José Dias havia os descrito como "olhos de cigana oblíqua e dissimulada"]. Não me acode imagem capaz de dizer, sem quebra da dignidade do estilo, o que eles foram e me fizeram. Olhos de ressaca? Vá, de ressaca. É o que me dá idéia daquela feição nova. Traziam não sei que fluido misterioso e enérgico, uma força que arrastava para dentro, como a vaga que se retira da praia, nos dias de ressaca. Para não ser arrastado, agarrei-me às outras partes vizinhas, às orelhas, aos braços, aos cabelos espalhados pelos ombros; mas tão depressa buscava as pupilas, a onda que saía delas vinha crescendo, cava e escura, ameaçando envolver-me, puxar-me e tragar-me. (ASSIS, 1899, informação eletrônica)

Já as ênfases e destaque devem ser ressaltadas através de um grifo ou com o uso dos recurso do negrito ou itálico. Confira o exemplo a seguir, diálogo de abertura da peça teatral Desencantos, também de autoria de Machado de Assis:

LUÍS
Quando se dá preferência a uma flor, à violeta, por exemplo, todo o jardim onde ela não apareça, embora esplêndido, é sempre incompleto.

CLARA
Faltava então uma violeta nesse jardim?

LUÍS
Faltava. Compreende agora?

CLARA
Um pouco

LUÍS
Ainda bem!

CLARA
Venha sentar-se neste banco de relva, à sombra desta árvore copada. Nada lhe falta para compor um idílio, já que é dado a esse gênero de poesia. Tinha então muito interesse em ver lá essa flor?

LUÍS
Tinha. Com a mão na consciência, falo-lhe a verdade; essa flor não é uma predileção do espírito, é uma escolha do coração. (ASSIS, 1861, informação eletrônica)

Referências:
ASSOCIAÇÃO BRASILEIRA DE NORMAS TÉCNICAS. NBR10520: Informação e documentação – Citações em documentos – Apresentação. Rio de Janeiro, 2002
ASSIS, Machado de. Memórias póstumas de Brás Cubas. Disponível em <http://www.machadodeassis.ufsc.br/obras/romances/ROMANCE,%20Memorias%20Postumas%20de%20Bras%20Cubas,%201880.htm>. Acesso em 11 de janeiro de 2010.
ASSIS, Machado de. Dom Casmurro. Disponível em <http://www.machadodeassis.ufsc.br/obras/romances/ROMANCE,%20Dom%20Casmurro,1899.htm>. Acesso em 11 de janeiro de 2010.
ASSIS, Machado de. Desencantos. Disponível em <http://www.machadodeassis.ufsc.br/obras/teatro/TEATRO,%20Desencantos,%201861.htm>. Acesso em 11 de janeiro de 2010.
FERREIRA, Aurélio Buarque de Holanda. Interpolação. In: o autor. Novo Dicionário Eletrônico Aurélio da Língua Portuguesa. 3. ed. Paraná: Positivo, 2004. Disponível em: C:/arquivos de programas/Novo Dicionário Aurélio 2005. Acesso em: 11 jan. 2009. Versão 5.

Obras de referência:
ASSIS, Machado de. Obras completas.Rio de Janeiro: Editora Nova Aguilar, 1994.

Site consultado:
Projeto de digitalização das obras de Machado de Assis, desenvolvido pela Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC): http://www.machadodeassis.ufsc.br/apresentacao.html